W uprawach polowych warto przeprowadzać zabiegi agrotechniczne, choćby bronowanie, które mechanicznie niszczy młode siewki bodziszka. Dbałość o tereny przyległe do pola, również wpływa na ograniczenie populacji tego chwastu. W przypadku, kiedy się już pojawi w dużych ilościach, należy pomyśleć o zastosowaniu środków chemicznych.
Na dużych obszarach, gdzie uprawia się zboża albo rośliny zielone, wydaje się to rzeczą absolutnie konieczną, żeby skutecznie pozbyć się chwastów. Bodziszek drobny jest niewielką jednoroczną rośliną, która najbardziej przeszkadza tam, gdzie zasiane są lucerna, koniczyna lub inne rośliny uprawiane dla pozyskania z nich nasion. Konkuruje z nimi o substancje pokarmowe, wodę i światło, a w późniejszym etapie zanieczyszcza ich zbiory swoimi nasionami.
Znacznie łatwiej się go pozbyć z roślin okopowych albo kukurydzy.
Zawsze należy dobrać środek stosowny do gatunku uprawianych roślin, który przy okazji zlikwiduje jeszcze inne grupy chwastów. Na mniejszych areałach, choćby w ogródkach przydomowych, działkach rekreacyjnych lub grządkach warzywnych, dla pozbycia się bodziszka drobnego stosuje się raczej metody ręczne albo mechaniczne.